协同创新中心以“人员灵活流动、资源开放共享”为基本准则，以“优势科研资源的最优利用”为导向搭建灵活高效的管理模式。协同创新中心体制机制建设以团结协作、资源共享、深度融合为方针，形成多元融合的创新载体，促进交叉学科的发展，有效提升协同创新能力。
协同创新中心的运行以具体的研究任务为驱动，研究方向按需进行动态调整，中心按照任务内容紧密融合、分工协作、联合攻关。
协同创新中心按特区制进行管理，内部政策及改革措施不局限于学校原有的体制机制框架，突破制约学校创新能力提升的内部机制障碍，打破与其他创新主体间的体制壁垒，充分释放人才、资源、信息、技术等方面的活力。
在国际合作方面，本着“高起点、高水准、有特色”的原则，积极吸引国际创新力量和资源，集聚世界一流专家学者参与协同创新，合作培养国际化人才，推动与国外高水平大学、科研机构等建立实质性合作。
在持续发展方面，通过机制体制改革创新，汇聚融合创新资源和要素，形成有利于协同创新和解决国家重大需求的可持续发展能力，创造出一批重大协同创新成果，成为国家科技创新、人才培养的重要基地和示范中心。
- 突破大学与其他创新主体间的壁垒，形成人才、学科、科研三位一体的创新能力
- 开创人才引进与管理创新机制，形成本领域世界顶尖的创新团队
